[EC-CUBE] 1.4.6正式版
[レンタルサーバ] 自サーバ
[OS] CentOS 5.0
[PHP] PHP 5.1.6(rpmよりインストール)
[データベース] MySQL 5.0.45(rpmよりインストール)
[WEBサーバ] Apache 2.2.3 (rpm)
[ブラウザ] Firefox 3.0.1
[現象]
(EC-CUBEインストール時も少しおかしいのですが)一通りインストールが終わって管理画面に入りますと、
HTMLがおかしい所為でまともに管理画面として機能してくれません。

具体的にどうおかしいかと申しますと、jsのユーザー関数の部分のコメントがきちんと改行されず(下記参照)に
関数として機能しなくなってしまったり、inputタグ内で本来スペースが空くべきところにスペースと"があるはずで、
表示自体がおかしくなってしまう(下記参照)問題に見舞われています。

サーバ自体の設定が悪いと思いまして、特に文字コードの部分を重点的にApache、PHP、MySQLの設定
見直してみましたが、何故、このような問題が起こるかさっぱりわからずに途方にくれております。
どなたか分かる方がいらっしゃいましたらアドバイスいただけないでしょうか？是非とも是非とも宜しくお願いいたします！

# これなら文字化けの方がかわいいものです…。

[例] 改行されない(例)
//コメントfunction user_func() {
　　　　　↑ここで改行されるはず

[例] スペースが空いていない(実際から１つ抜粋)
<input type="button" value="大きくするonClick="ChangeSize(this, tpl_data, 50, 13, html_area_row)">
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑ここに本来半角スペースと" がくるはず

因みに、Smartyが絡んでいない普通のPHPファイルを置いて見ましたが、特に問題なく実行されることを確認しています。