少なくとも、PHP や DB は自分のタイミングでバージョンアップできる構成のところがよいと思いますよ。ホスティング会社がサーバソフトをアップデートしたら EC-CUBE が動かなくなった…なんて、悲惨ですから。

当方でお客様に提供しているのは、
http://www.ec-cube.net/partner/search.php
に掲載されている「ラピッドサイト」にカナリ近い構成のマシンです。

NTTコミュニケーションズの子会社が実質的な管理・運用しています。米国スタッフにはOS開発者なども在籍していて、OSの特性を生かしたVPSになっています。(PC丸ごと仮想化するシステムとは全く異なります。)
標準で RAID-1 (ミラーリング構成) で、別HDDに日時バックアップ、更に週次でテープバックアップというのも安心できます。

参考まで。

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Seasoft
こちらでの投稿は、アイディア程度に留めさせていただいております。
個別案件の作業は有償で承っております。お気軽にご相談ください。