> サーバーにアップされているファイルの改行コードはどうなっていますか？
特に変更するようなことはしていませんので、LFのままかと思います。

> また, どんな方法でサーバーにアップロードしていますか？
ftpアップロードではなく、wgetで直接DLし、展開という形です。

> PHP5.1.x をお使いのようですが, 最新の5.2.5 だとどうですか？
PHP5.2.6をインストールしましたが、変化はありませんでした。

その後に、色々とどこが駄目なのか問題の切り分けをしたところ
PHP以前にApacheの動き自体（普通のHTMLでフォームで壊れる）
おかしいことが判明し、Apacheに入れていたモジュールが原因と
いうこと突き止め、そのモジュールを外したところ正常に表示される
ようになりました。

本当に単純な問題でして、恥ずかしい限りです。お世話様でした。
ではでは。