外ってそういう話でしたか。
すみません、それはフレームワークを使うというルールから逸脱してしまうので、積極的にアドバイスしがたいものが…。

…言える事と言えば、EC-CUBE3に於いて入口となるのはindex.php（開発時だとindex_dev.phpですが）で、最初に宣言されている
$appに情報が集約されていくので、（基本的には）各工程で$appさえ参照できればセッション情報もそこから取れる、ということでしょうか…
ですから、コントローラー外からセッション情報を取る自体に関してはindex.phpを通った$appさえ取れれば可能、ただし、フレームワークを経由しなかった場合、各工程を通る際に$appに対して行ってる処理をスルーしているわけなので、正常な動作をしてくれる保証はないかも？？