funaki 様

EC-CUBE3をさくらインターネットのレンタルサーバで運用して、
重たいとの事ですが、実際にどこで重い（レスポンスに時間が掛かる）のか確認すると良いと思います。

Firefoxなどのブラウザには開発ツールがあり、
その中のネットワークにて、
アクセスしたサイト（ページ）の
HTML出力結果＋各ファイル（画像、JSなど）がどの程度の時間が掛かって結果を返しているか確認できます。

開発ツールを使ってfunaki様の質問内容に記載の
ECサイトトップページに40個の商品画像を表示されている部分の
時間等も含めて確認すると良いと思います。
画像ファイルの容量等が大きい場合は、容量等をなるだけ小さくしたりして改善させていけばよいと思います。

●Firefoxの開発ツール（ネットワーク）の例
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Tools/Network_Monitor

ご確認の程、よろしくお願い致します。