自分も初心者でカスタマイズ中に同じような症状になりました。
色々調べてみたところ、

app/config/eccube/path.yml

上記ファイルの

front_urlpath: /template/○○○○○

の箇所を

front_urlpath: /html/template/○○○○○

と変更することで直りました。
テンプレートを変更する度になぜか/htmlが外れてしまうので、その都度追加修正するようにしています。

まだ未解決でしたらご参考までに。