EC CUBEでデフォルトでは各県ごとに配送料を指定するか、
全国一律に配送料を指定する設定になっていますが、
conf.phpの内容を見る限り、商品毎に配送料を設定できるしくみになっていることがわかります。
有効に設定すればできるのだと思うのですが、
有効に設定しても登録画面に変化が現れませんでした。

有効にすることによって、どこの画面から配送料を個別に指定できるのか教えていただけませんでしょうか？