ご要望がぼんやりとしか理解できていないのですが、
EC-CUBEをメルマガ配信システムとして利用したい。と言うことでしょうか？
そういう事でしたら、既にお持ちの顧客情報をEC-CUBEのDBへインポートすれば可能だと思います。
ただ、EC-CUBEのメルマガ機能がご希望通りの機能を実装しているかは、ご確認頂く必要がありますが。
また、フロント機能を利用しないのであれば、フロントページヘはアクセスできないようにしておくべきだと思います。

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