今確認したところ、11月10日版のページからダウンロードしたpayment.phpでは不具合は起こらないようで、ページに掲載している修正箇所と提供されているファイルに違いがあるのかもしれません。

当方の一部サイトでpayment.phpをカスタマイズしていたので、そのままのファイルを使用しなかったのが原因でした。

ダウンロードしたファイルに自分がカスタマイズした箇所を追加することで問題解決しました。
（両ファイルを比較するより自分で書いた部分を追加するほうが簡単だったので、すいません。）

>homan様
早速の調査、ありがとうございました。
「EC-CUBEの学校」すばらしいですね。
同業ながら、私はまだまだです。お恥ずかしい限りです。