ファイルを上書きでアップロードしたり、パーミションを変更したり、間違ってファイルを削除したりすような凡ミスが無いと仮定すると、サーバ側を疑うべきでしょう。
”正しい”ファイルをアップロードしても改善されないとなればなおのことです。

レンタルサーバであればwebサーバやDBサーバの仕様が変わった、DBが止まっている、などなど。