こんにちは。

>実際のところ、RFC違反した携帯等のメールアドレスとのメール送受信は、運用上は問題なかったりするのでしょうか？

DOCOMOなどでは、迷惑メール対策から、最後に「.」がついたりするメアドでも送受信できるため、そういうメールアドレスを利用しているユーザーも多いようです。
現状、この手の携帯メアド相手でも、運用上メールの送受信は、できるので、EC-CUBEの管理画面での更新が通常通りできれば、問題ないのかな、と思いますが、どうでしょうか。

>いろんな環境によるかと思うので、ニーズがあるようなら、
>このチェック関数をモード(RFC遵守するかどうか)で切り替えられるようにして、
>設定で管理者が選択できるような仕組みに変更してみようかと思いますがどうでしょうか？

こういう仕様になるととてもうれしいですね。携帯サイトを使用せず、海外向け通販やＰＣ専用通販をしたい運用者の方にとっては、チェックも必要かも知れませんので。。。

よろしくお願いします！