EC-CUBEバージョン：2.12.0

恐らく下記スレッドと関係あることだと思います。
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=10708&forum=10

2.11以前のバージョンでは、商品に何らかの規格を設定後に商品編集画面に行くと、商品種別〜在庫数の項目が非表示になっていました。
しかし、2.12では商品に1つだけ規格を設定した場合に限り、その項目が表示されたままになっています。
(2つ目の規格を設定するとちゃんと非表示になります)

$arrForm.has_product_classにtrueが入っていないことが原因のようです。