追記

1月15日にheteml側で何らかの作業をしているようです。
http://heteml.jp/info/detail/id/192

初期からあるテンプレートは文字化けをしていません。
追加tplのみ文字化けをしています。

昨日、GMO-PGモジュール（2.12用）を導入したところ、
当方でも全く同じ現象が起きはじめました。

・自動返信には問題が無い
・メールテンプレート部分だけ文字化けをしている
・データベースから引き出した文字列については文字化けをしていない
・実際にメールを送ってみたのですが、文字化けをしたまま

メールテンプレートにて、一部文字化けが発生しております。

基本的には、以下の2つのテンプレートで発生しております。

症状としては、以下の様な文字化けが起こります。

【正しい】（一部）
************************************************
　ご注文商品明細
************************************************
　　↓
【文字化け状態】（一部）
************************************************
＆#12288;＆#12372;＆#35531;＆#27714;＆#37329;＆#38989;
************************************************
（※表示のために＆は大文字にしています。）

また、改行が2行になってしまいます。
また、文字化けの始まる最初に<p>というのが付きます。

ちなみに以下のテンプレートでは発生しておりません。
customer_regist_mail.tpl

特にメールテンプレートを触ったわけではないですし、文字コードもチェックしたのですが、特に問題ありませんでした。

「受注管理」の「個別通知」辺りを使い始めたら起こったような気がしないでもないのですが、確証がありません。

何か解決方法がありましたら、ご教授いただければと思います。

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[EC-CUBE] 2.12.2 (2.11.5からデータベースを移行しました。）
[レンタルサーバ] heteml
[PHP] PHP 5.3.19
[データベース] MySQL 5.0.82-community-log
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