カート移管にともないデータを移しておりますが、ECCUBEで会員情報を抽出した際にCSVのデータの中のポイント残高が全て0になってしまいます。

ユーザー様が貯めているポイントは他のカートに引き継ぐことはできないのでしょか？教えてください。

こんにちわ。

各種バージョンや環境、カスタマイズ有無などが分かりませんが、
2.12.5で確認したところ、問題なくポイント残高が出力されました。

データベースの方に値はありませんか？
dtb_customer テーブルの point カラムに該当データが格納されるはずです。
もしなければ、ポイントを使用しない設定にされているのかもしれません。