お世話になります。
現在EC-CUBE 2.13.1を使用しています。

管理画面において、
「（はしごたか）」「（たつさき）」などの『IBM拡張文字』を
DB登録できるものの、その情報をCSV出力しようとした時に
上記文字だけが出力出来ない事象が発生し、
『IBM拡張文字』をCSV出力出来るよう改修を行いました。

その際に顧客より、他の外字等でも同様に、
画面入力は出来るがCSV出力が出来ない文字と言うものの有無を
確認するよう求められた次第です。
EC-Cubeとして「ここまでの文字は保障する」
というような決まりがあるものなのか、ご教示頂きたく思います。

EC-CUBE として定められた仕様はありませんが、扱うことが可能な文字の範囲は、お使いの環境に依存します。

データベースが MySQL の場合は、 UTF-8 で3バイトまでの文字の範囲しか扱うことができない環境があります。(MySQL5.5.3以降であれば utf8mb4 を使用すれば可能)
また、そもそもクライアント PC の環境が Windows XP のような古い端末の場合は、 JIS X 0213 で追加された文字などは表示できません。

お使いのデータベースや、サーバー、クライアントPC が UTF-8 の範囲の文字に対応していれば、 EC-CUBE の管理画面で、それらの文字を入出力することは可能です。
ただし、 CSVダウンロードをする場合は、 SJIS-win(CP932) に変換しますので、出力可能な文字は CP932 の文字集合の範囲に限定されます。
(参考 https://ja.wikipedia.org/wiki/Microsoft%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%89%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8932)
例えば、スマートフォン等で入力可能な絵文字や、アラビア文字などは、管理画面で入力可能ですが CSV ダウンロードで扱うことができません。

もちろん、 CSVを UTF-8 で出力すれば扱うことが可能です。(日本語版の Excel で開けなくなってしまう弊害が発生しますが。。)

外字に関しては、サーバーやクライアント環境に依存します。
しかも、csvとなると外字対応をする事でexcelで開く事が出来なくなる問題が出てきたり、
外部システムへcsvファイルをインポートしている場合は、さらに問題が発生する場合が
ございますので、その点を踏まえて顧客と再度ご相談された方が良いかと思います。