送料無料時、遠隔地のみ送料を若干割増にするのは、どこをいじれば良いのでしょうか？
EC-CUBE2の時の記述はあったのですが、3の場合どこを直せばよいのかわからずに困っております。
eccube.servise.shoppingという所で処理しているのとは思うのですが。
　よろしくお願いいたします。

北海道・沖縄県以外を0円に設定するのではだめですか？

ご察しの通り、eccube.servise.shoppingになります。
これはEccube\Service\ShoppingServiceというクラスになります。
setDeliveryFreeAmountあたりで合計金額によって送料無料にしていますので、ここでOrderのShippingが沖縄や北海道なら除外してやれば良いと思います。
ただShoppingServiceを直接修正すると今後の本体アップデートは難しくなります。
継承するなりしてeccube.servise.shoppingを置き換えた方が安全ではあります。

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ご回答ありがとうございます。
?最初にqchsさんがお答えいただいたように、金額を送料無料未満と以上で分けて配送方法（通常料金のパターンと沖縄・北海道・離島以外を0のパターン）を２つ登録してみたのですが、カート画面で数量を変更しようとすると、「この商品は、同時購入できません。」のエラーとなり駄目でした。
従いまして、
?のshoppingservice.phpを修正する方向でトライしてみます。
ご回答ありがとうございました。
　うまく動作しましたら、修正箇所を再度回答させて頂きます。