FindByでは、NOT条件を指定することはできるのでしょうか？
いろいろ検索してみましたが、分かりませんでした。

Parent は nullを指定
id は「1,3,6」以外
という風に条件を指定したいのですが、
記述が分からず困っています。

何かご存じの方、宜しくお願いします。

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$Categories = $app['eccube.repository.category']
->findBy(
array(
'Parent' => null,
？？？ここら辺から分からないです。
'AND' => array(
'NOT' => array(
'id' => array(1,3,6)
)
)
),
array('rank' => 'DESC')
);

QueryBuilderとか他の方法でいけるのでは？

こんなのもいけるんじゃないでしょうか。（未検証）
$criteria = new \Doctrine\Common\Collections\Criteria();
$criteria->where($criteria->expr()->('id', [1,3,6]));
$result = $app['eccube.repository.category']->matching($criteria);

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umebiusさん、いつもありがとうございます。

教えて頂いた記述ですと、
真ん中の行でエラーになりました。

Parse Error: syntax error, unexpected '(', expecting identifier (T_STRING) or variable (T_VARIABLE) or '{' or '$'

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結局どこを直せばいいのか分からなかったのですが、
調べた結果、以下のような形ですと、1以外のものを抽出することができました。

$criteria->where($criteria->expr()->neq('id','1'));

しかし、1,3,6を指定する、他の条件を付けたす等の記述は分かりませんでした。
※[1,3,6]では、動きませんでした。

他の方法も含め、調査中ですが、さらに何かヒントをご存じでしたら、お願いします。

エラーってshort syntaxのせいでしょうか？

QueryBuilderで書くならこんな感じでしょうか

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QueryBuilderにて、思い通りの動作を確認できました。

ありがとうございました！

良かったです。
QueryBuilder便利ですよね！

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蛇足ですが、、こんなメソッドを書くと、汎用的ですっきりすると思います

https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/pull/1845/files#diff-5ee356332b9db75a34cad77837ea5d16R38