表題の件で質問です。

会員本登録の前に承認の可否を管理者が決定できるように、ユーザーに仮会員登録メール送信時、管理者宛てにアクティベート用URLを記載したメールを送信しようと考えています。

●/src/Eccube/Resource/template/default/Mail　にtwigテンプレート追加

追加したテンプレートを管理者宛てにメール送信行いたいのですが、ECCUBE3ではどのファイルにどう書けばよいでしょうか？

仮会員へのメール送信はsrc/Eccube/Service/MailService.phpのsendCustomerConfirmMail()で行っています。
BCCで管理者にも同じメールが届く様になっていると思うので、そのままでもアクティベーション用のメールは届くはずです。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/a1b9ca95fc9d84989401e60620ad0a946aff6a5e/src/Eccube/Service/MailService.php#L67

ユーザーにはアクティベーションURLが記載されたメールを送りたくないとか、ユーザのアクティベーションと管理者のアクティベーション両方必要としたいとかなら、このメソッドとかEntryControllerの改修が必要です。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/master/src/Eccube/Controller/EntryController.php

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ご教授ありがとうございます。

＞ユーザーにはアクティベーションURLが記載されたメールを送りたくないと

ユーザーには送信せず管理者のみに送信したいのですが、
改修のご教授いただけないでしょうか？

Mail/entry_confirm.twigから{{activation_code}}の部分を取り除いたtwigをもう１つ作り、entry_confirm_for_customer.twig

とでもして、あとはsendCustomerConfirmMailメソッドで
to: 会員 bcc:管理者となってるのを別々に２回送信すれば大丈夫です！

会員向けのメールにはentry_confirm_for_customer.twigを使用します。

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ご教授ありがとうございます。

思ったとおりの動作ができました！
sendCustomerConfirmMailで分けてすればよかったんですね。
勉強になりました。