まったく同じ環境が用意できないので、Path.ymlの中身を調べる事は出来ないのですが、
適当なディレクトリにもう一つECCUBEをインストールして、そのECCUBEのpath.ymlを参考にするというのは如何でしょうか？
データベースも新しく追加しないと、
後からインストールしたECCUBEが先にインストールしたECCUBEの内容を初期化してしまうので、その点は注意が必要かと思います。

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株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
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[EC-CUBE] 3.0.10
[レンタルサーバ] kagoya
[OS] windows10.Home 10.0.14393
[PHP] 5.6.30
[データベース]
[WEBサーバ] Apache 2.4.20
[ブラウザ]
[導入プラグインの有無]
[カスタマイズの有無]

[現象] ショップURLの/ec-cube/html/を取ってHPを表示させたかったので、レンサバサポートに問い合わせ
1)レンサバコントロールパネルからドキュメントルートの設定を変えました。
2)path.yml.内にあるパスの変更を行いました。
3)レンサバコントロールパネルからSSLの対象ディレクトリを変更しました。

すると、ショップURLの変更したもので表示されましたが、管理画面が品祖な感じになり、ログインIDを入力してもログイン出来なくなってしまいました。

2)につきましては、当方の認識不足でレンサバサポートからの回答メール内の対象部分をコピーし、メモ帳にて編集してしまいました。この時バックアップをしていませんでした。

出来れば修復したいのですが、ご教授ください。