ECCUBE4.1系でGMOペイメントの使用は可能でしょうか。
こちらの対応バージョンが4.0系で止まっているようですが、ECCUBE4.1系でも使用できるか、もしくはECCUBE4.1系に対応している決済サービスを教えていただきたいです。

こちらオーナーズストアで4.1対応決済プラグイン確認できるようです。

https://www.ec-cube.net/products/list.php?mode=&category_id=3&maker_id=0&keywords=%E6%B1%BA%E6%B8%88&ecversion_id=0&partner_id=0&orderby=date&ecversion=4.1&protype=all&disp_number=30&price_type=&product_type=&price_max=&price_min=&pageno=1&product_id=&classcategory_id1=&classcategory_id2=&product_class_id=&quantity=

GMOペイメントプラグインは今のところ4.1で使うなら一部修正して対応させるしかないですね。
サポート対象外となる場合がありますので、一般的にはおすすめ致しません。

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2系・3系から4系へのバージョンアップ実績豊富

近い将来にアップデートされるかと思います。
カスタマイズするとアップデート対応が難しくなると思いますので急ぎではないなら少し待たれた方が良いかとは思います。