お世話になります。

[EC-CUBE] EC-CUBEのバージョンアップデート中
おそらくEC-CUBEアップデートプラグイン(4.0.6〜4.1.0)です。

[レンタルサーバ] xserver
[OS] Windows
[PHP] 7
[現象] EC-CUBEのアップデート中に下記のようなエラーが出てしまいました。
(1/1) FatalErrorException
Compile Error: Cannot declare class Eccube\Kernel, because the name is already in use

in Kernel.php line 52

どのようにしたらよいのかわからず途方に暮れています。
どなたか教えていただけませんでしょうか？

Karnel.phpはこのようになっております。

<?php

/*
* This file is part of EC-CUBE
*
* Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
*
* http://www.ec-cube.co.jp/
*
* For the full copyright and license information, please view the LICENSE
* file that was distributed with this source code.
*/

namespace Eccube;

use Doctrine\Bundle\DoctrineBundle\DependencyInjection\Compiler\DoctrineOrmMappingsPass;
use Eccube\Common\EccubeNav;
use Eccube\Common\EccubeTwigBlock;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\AutoConfigurationTagPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\NavCompilerPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\PaymentMethodPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\PluginPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\PurchaseFlowPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\QueryCustomizerPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\TwigBlockPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\TwigExtensionPass;
use Eccube\DependencyInjection\Compiler\WebServerDocumentRootPass;
use Eccube\DependencyInjection\EccubeExtension;
use Eccube\Doctrine\DBAL\Types\UTCDateTimeType;
use Eccube\Doctrine\DBAL\Types\UTCDateTimeTzType;
use Eccube\Doctrine\ORM\Mapping\Driver\AnnotationDriver;
use Eccube\Doctrine\Query\QueryCustomizer;
use Eccube\Service\Payment\PaymentMethodInterface;
use Eccube\Service\PurchaseFlow\DiscountProcessor;
use Eccube\Service\PurchaseFlow\ItemHolderPostValidator;
use Eccube\Service\PurchaseFlow\ItemHolderPreprocessor;
use Eccube\Service\PurchaseFlow\ItemHolderValidator;
use Eccube\Service\PurchaseFlow\ItemPreprocessor;
use Eccube\Service\PurchaseFlow\ItemValidator;
use Eccube\Service\PurchaseFlow\PurchaseProcessor;
use Eccube\Validator\EmailValidator\NoRFCEmailValidator;
use Symfony\Bundle\FrameworkBundle\Kernel\MicroKernelTrait;
use Symfony\Component\Config\Loader\LoaderInterface;
use Symfony\Component\DependencyInjection\Compiler\PassConfig;
use Symfony\Component\DependencyInjection\ContainerBuilder;
use Symfony\Component\DependencyInjection\Definition;
use Symfony\Component\DependencyInjection\Reference;
use Symfony\Component\Finder\Finder;
use Symfony\Component\HttpKernel\Kernel as BaseKernel;
use Symfony\Component\Routing\RouteCollectionBuilder;

class Kernel extends BaseKernel
{
use MicroKernelTrait;

const CONFIG_EXTS = '.{php,xml,yaml,yml}';

public function getCacheDir()
{
return $this->getProjectDir().'/var/cache/'.$this->environment;
}

public function getLogDir()
{
return $this->getProjectDir().'/var/log';
}

public function registerBundles()
{
$contents = require $this->getProjectDir().'/app/config/eccube/bundles.php';
foreach ($contents as $class => $envs) {
if (isset($envs['all']) || isset($envs[$this->environment])) {
yield new $class();
}
}

$pluginDir = $this->getProjectDir().'/app/Plugin';
$finder = (new Finder())
->in($pluginDir)
->sortByName()
->depth(0)
->directories();
$plugins = array_map(function ($dir) {
return $dir->getBaseName();
}, iterator_to_array($finder));

foreach ($plugins as $code) {
$pluginBundles = $pluginDir.'/'.$code.'/Resource/config/bundles.php';
if (file_exists($pluginBundles)) {
$contents = require $pluginBundles;
foreach ($contents as $class => $envs) {
if (isset($envs['all']) || isset($envs[$this->environment])) {
yield new $class();
}
}
}
}
}

/**
* {@inheritdoc}
*
* @see \Symfony\Component\HttpKernel\Kernel::boot()
*/
public function boot()
{
// Symfonyがsrc/Eccube/Entity以下を読み込む前にapp/proxy/entity以下をロードする
$this->loadEntityProxies();

parent::boot();

$container = $this->getContainer();

// DateTime/DateTimeTzのタイムゾーンを設定.
$timezone = $container->getParameter('timezone');
UTCDateTimeType::setTimeZone($timezone);
UTCDateTimeTzType::setTimeZone($timezone);
date_default_timezone_set($timezone);

// RFC違反のメールを送信できるよう独自のValidationを設定
if (!$container->getParameter('eccube_rfc_email_check')) {
// RFC違反のメールを許容する
\Swift_DependencyContainer::getInstance()
->register('email.validator')
->asSharedInstanceOf(NoRFCEmailValidator::class);
}

// Activate to $app
$app = Application::getInstance(['debug' => $this->isDebug()]);
$app->setParentContainer($container);
$app->initialize();
$app->boot();

$container->set('app', $app);
}

protected function configureContainer(ContainerBuilder $container, LoaderInterface $loader)
{
$confDir = $this->getProjectDir().'/app/config/eccube';
$loader->load($confDir.'/services'.self::CONFIG_EXTS, 'glob');
$loader->load($confDir.'/packages/*'.self::CONFIG_EXTS, 'glob');
if (is_dir($confDir.'/packages/'.$this->environment)) {
$loader->load($confDir.'/packages/'.$this->environment.'/**/*'.self::CONFIG_EXTS, 'glob');
}
$loader->load($confDir.'/services_'.$this->environment.self::CONFIG_EXTS, 'glob');

// プラグインのservices.phpをロードする.
$dir = dirname(__DIR__).'/../app/Plugin/*/Resource/config';
$loader->load($dir.'/services'.self::CONFIG_EXTS, 'glob');
$loader->load($dir.'/services_'.$this->environment.self::CONFIG_EXTS, 'glob');

// カスタマイズディレクトリのservices.phpをロードする.
$dir = dirname(__DIR__).'/../app/Customize/Resource/config';
$loader->load($dir.'/services'.self::CONFIG_EXTS, 'glob');
$loader->load($dir.'/services_'.$this->environment.self::CONFIG_EXTS, 'glob');
}

protected function configureRoutes(RouteCollectionBuilder $routes)
{
$container = $this->getContainer();

$scheme = ['https', 'http'];
$forceSSL = $container->getParameter('eccube_force_ssl');
if ($forceSSL) {
$scheme = 'https';
}
$routes->setSchemes($scheme);

$confDir = $this->getProjectDir().'/app/config/eccube';
if (is_dir($confDir.'/routes/')) {
$builder = $routes->import($confDir.'/routes/*'.self::CONFIG_EXTS, '/', 'glob');
$builder->setSchemes($scheme);
}
if (is_dir($confDir.'/routes/'.$this->environment)) {
$builder = $routes->import($confDir.'/routes/'.$this->environment.'/**/*'.self::CONFIG_EXTS, '/', 'glob');
$builder->setSchemes($scheme);
}
$builder = $routes->import($confDir.'/routes'.self::CONFIG_EXTS, '/', 'glob');
$builder->setSchemes($scheme);
$builder = $routes->import($confDir.'/routes_'.$this->environment.self::CONFIG_EXTS, '/', 'glob');
$builder->setSchemes($scheme);

// 有効なプラグインのルーティングをインポートする.
$plugins = $container->getParameter('eccube.plugins.enabled');
$pluginDir = $this->getProjectDir().'/app/Plugin';
foreach ($plugins as $plugin) {
$dir = $pluginDir.'/'.$plugin.'/Controller';
if (file_exists($dir)) {
$builder = $routes->import($dir, '/', 'annotation');
$builder->setSchemes($scheme);
}
if (file_exists($pluginDir.'/'.$plugin.'/Resource/config')) {

$builder = $routes->import($pluginDir.'/'.$plugin.'/Resource/config/routes'.self::CONFIG_EXTS, '/', 'glob');
$builder->setSchemes($scheme);
}
}
}

protected function build(ContainerBuilder $container)
{
$this->addEntityExtensionPass($container);

$container->registerExtension(new EccubeExtension());

// サービスタグの自動設定を行う
$container->addCompilerPass(new AutoConfigurationTagPass(), PassConfig::TYPE_BEFORE_OPTIMIZATION, 11);

// サービスタグの収集より先に実行し, 付与されているタグをクリアする.
// FormPassは優先度0で実行されているので, それより速いタイミングで実行させる.
// 自動登録されるタグやコンパイラパスの登録タイミングは, FrameworkExtension::load(), FrameworkBundle::build()を参考に.
$container->addCompilerPass(new PluginPass(), PassConfig::TYPE_BEFORE_OPTIMIZATION, 10);

// DocumentRootをルーティディレクトリに設定する.
$container->addCompilerPass(new WebServerDocumentRootPass('%kernel.project_dir%/'));


// twigのurl,path関数を差し替え
$container->addCompilerPass(new TwigExtensionPass());

$container->register('app', Application::class)
->setSynthetic(true)
->setPublic(true);

// クエリカスタマイズの拡張.
$container->registerForAutoconfiguration(QueryCustomizer::class)
->addTag(QueryCustomizerPass::QUERY_CUSTOMIZER_TAG);
$container->addCompilerPass(new QueryCustomizerPass());

// 管理画面ナビの拡張
$container->registerForAutoconfiguration(EccubeNav::class)
->addTag(NavCompilerPass::NAV_TAG);
$container->addCompilerPass(new NavCompilerPass());

// TwigBlockの拡張
$container->registerForAutoconfiguration(EccubeTwigBlock::class)
->addTag(TwigBlockPass::TWIG_BLOCK_TAG);
$container->addCompilerPass(new TwigBlockPass());

// PaymentMethod の拡張
$container->registerForAutoconfiguration(PaymentMethodInterface::class)
->addTag(PaymentMethodPass::PAYMENT_METHOD_TAG);
$container->addCompilerPass(new PaymentMethodPass());

// PurchaseFlow の拡張
$container->registerForAutoconfiguration(ItemPreprocessor::class)
->addTag(PurchaseFlowPass::ITEM_PREPROCESSOR_TAG);
$container->registerForAutoconfiguration(ItemValidator::class)
->addTag(PurchaseFlowPass::ITEM_VALIDATOR_TAG);
$container->registerForAutoconfiguration(ItemHolderPreprocessor::class)
->addTag(PurchaseFlowPass::ITEM_HOLDER_PREPROCESSOR_TAG);
$container->registerForAutoconfiguration(ItemHolderValidator::class)
->addTag(PurchaseFlowPass::ITEM_HOLDER_VALIDATOR_TAG);
$container->registerForAutoconfiguration(ItemHolderPostValidator::class)
->addTag(PurchaseFlowPass::ITEM_HOLDER_POST_VALIDATOR_TAG);
$container->registerForAutoconfiguration(DiscountProcessor::class)
->addTag(PurchaseFlowPass::DISCOUNT_PROCESSOR_TAG);
$container->registerForAutoconfiguration(PurchaseProcessor::class)
->addTag(PurchaseFlowPass::PURCHASE_PROCESSOR_TAG);
$container->addCompilerPass(new PurchaseFlowPass());
}

protected function addEntityExtensionPass(ContainerBuilder $container)
{
$projectDir = $container->getParameter('kernel.project_dir');

// Eccube
$paths = ['%kernel.project_dir%/src/Eccube/Entity'];
$namespaces = ['Eccube\\Entity'];
$reader = new Reference('annotation_reader');
$driver = new Definition(AnnotationDriver::class, [$reader, $paths]);
$driver->addMethodCall('setTraitProxiesDirectory', [$projectDir.'/app/proxy/entity']);
$container->addCompilerPass(new DoctrineOrmMappingsPass($driver, $namespaces, []));

// Customize
$container->addCompilerPass(DoctrineOrmMappingsPass::createAnnotationMappingDriver(
['Customize\\Entity'],
['%kernel.project_dir%/app/Customize/Entity']
));

// Plugin
$pluginDir = $projectDir.'/app/Plugin';
$finder = (new Finder())
->in($pluginDir)
->sortByName()
->depth(0)
->directories();
$plugins = array_map(function ($dir) {
return $dir->getBaseName();
}, iterator_to_array($finder));

foreach ($plugins as $code) {
if (file_exists($pluginDir.'/'.$code.'/Entity')) {
$paths = ['%kernel.project_dir%/app/Plugin/'.$code.'/Entity'];
$namespaces = ['Plugin\\'.$code.'\\Entity'];
$reader = new Reference('annotation_reader');
$driver = new Definition(AnnotationDriver::class, [$reader, $paths]);
$driver->addMethodCall('setTraitProxiesDirectory', [$projectDir.'/app/proxy/entity']);
$container->addCompilerPass(new DoctrineOrmMappingsPass($driver, $namespaces, []));
}
}
}

protected function loadEntityProxies()
{
$files = Finder::create()
->in(__DIR__.'/../../app/proxy/entity/')
->name('*.php')
->files();
foreach ($files as $file) {
require_once $file->getRealPath();
}
}
}

> EC-CUBEのアップデート中に下記のようなエラーが出てしまいました。
> どのようにしたらよいのかわからず途方に暮れています。
> どなたか教えていただけませんでしょうか？

アップデート前にバックアップを取られているなら、バックアップから書き戻してはいかがでしょうか？

また、EC-CUBEログを確認できますか？
どのようなエラーが出ますでしょうか？
EC-CUBEのログであれば、var/log/prod/site-yyyy-mm-dd.log に「システムエラーが発生しました」といった行がありましたらご提示ください。

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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お返事ありがとうございます。

大変お恥ずかしい限りではございますが
バックアップを取っておりませんでした。

サーバーのファイルを見ると
public_html＞src>EC-CUBEのフォルダは残っていますが…

ログを確認してみたのですが、
08/11までのログしか残っておりませんでした。
アップデートしたのは昨日8/12ですので
その部分はありませんでした。

8/9～8/11までのログの中にはシステムエラーといった表示は
ありませんでした。

お返事ありがとうございます。

Xserverの自動バックアップより、バージョンアップ前日の
データで復元することが出来ました。

本当にありがとうございました。
このような機能があったことも知らず、ご親切に教えてくださり
助かりました。ありがとうございました。