> 以前の状態に戻すというのは、app/config/eccube app/DoctrineMigrations bin src html vendor 等の入ったフォルダをサーバにアップするでよかったでしょうか？

本作業（個別ファイルの差し替え）を行う前の、システムバックアップがあるのであれば、
EC-CUBEインストールフォルダの全てのファイルを書き戻す、データベースをリストアすれば作業前の状態には戻ると思います。
作業前のシステムバックアップがないのであれば、初心者ではどこがおかしくなっているのか確認作業含めて知識がないと難しいと思いますのd、EC-CUBEインテグレートパートナーなどに相談する事をオススメ致します。

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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mcontactさま

またまたお知恵をお借りさせていただき、ありがとうございます。
root以下は全てFTPでのダウンロードはしております。
EC-CUBEインストールフォルダの全てのファイルを書き戻すことはできるかと思いますが、別フォルダ名でアップしてフォルダ名を入れ替えることで問題はございませんでしょうか。
データベースをリストアという作業が分からず、また恐ろしく感じております。今まで作業としてはFTPとエラーのでるコマンドを打ち込むことしかしていませんが、データベースが壊れてしまっている可能性はどの程度ございますでしょうか。

たびたび恐れ入ります。
何卒、よろしくお願い申し上げます

> EC-CUBEインストールフォルダの全てのファイルを書き戻すことはできるかと思いますが、別フォルダ名でアップしてフォルダ名を入れ替えることで問題はございませんでしょうか。
別フォルダに書き戻すことは出来ますが、設定が必要です。
このあたりの知識があるのであれば、普通にさくらレンタルサーバ上なりお持ちのMacにも検証環境は作れると思いますが...

> データベースをリストアという作業が分からず、また恐ろしく感じております。今まで作業としてはFTPとエラーのでるコマンドを打ち込むことしかしていませんが、データベースが壊れてしまっている可能性はどの程度ございますでしょうか。

データベースの復元方法は、さくらレンタルサーバのサイトに記載されています。
https://help.sakura.ad.jp/rs/2188/

データベースが壊れてしまっている可能性は実環境を見ていないので、どの程度あるかは詳しくは分かり兼ねます。

ただし、エラーが発生しておりバックアップデータがあるのであれば、普通はシステムバックアップから戻そうと思い約1週間程度システムエラー状態でシステム運用が出来ない状態にはしないと思います。
知識がなく怖いのであれば、知識がないと難しいと思いますので、素直にEC-CUBEインテグレートパートナーなどに相談する事をオススメ致します。

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mcontactさま

たびたび恐れ入ります。ご丁寧にありがとうございました。
同じフォルダに移し替えないといけない旨理解いたしました。
そこで間違えて、データベースが無事だったのに傷口を広げるようなことにならなくて
本当に助かりました。
細々頑張ってみて、プロに依頼する、商品数を絞って新しく作る等も
相談をして進めて参りたいと思います。

重ね重ね、お付き合いいただき、ありがとうございました。