それで、管理画面の”システム情報”で、ＰＨＰの”_SERVER["PHP_SELF"]”の内容が、
/www.xxxx.co.jp/admin/system/system.php/ となっていたので、
SC_Helper_PageLayout.php　の、下記のヶ所を$_SERVER['PHP_SELF']⇒ $_SERVER['REDIRECT_URL']に変えました。
これは、 $_SERVER['REDIRECT_URL']の内容が、/admin/system/system.phpになっていたからです。
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function sfGetPageLayout(&$objPage, $preview = false, $url = ""){
$debug_message = "";
$arrPageLayout = array();


if ($preview === false) {
if ($url == "") {
/*↓この個所を
$url = "http://" . $_SERVER['HTTP_HOST'] . $_SERVER['PHP_SELF'];*/
　　　//この様に↓
$url = "http://" . $_SERVER['HTTP_HOST'] . $_SERVER['REDIRECT_URL'];

}
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この修正によって、中身が表示されなかったページ全てが表示されるようになりました。

結果的に、表示されているのですが、これを変えたことによって何かに影響するとか、あまり良くないとか無いでしょうか？

Apache のおかしな挙動

Apache の 404 ハンドラを使用して リクエストをフロントコントローラに渡したり、 PT フラグを rewrite ルールで使用したりする場合は、 必要な URI 情報が含まれるのが $_SERVER['REQUEST_URI'] ではなく $_SERVER['REDIRECT_URL'] であることに注意しましょう。 この設定を使用して無効なルーティングを取得したい場合は、 デフォルトの Http クラスではなく Zend_Controller_Request_Apache404 クラスを使用してリクエストオブジェクトを作成しなければなりません。

mahalo_cさんは書きました：
$_SERVER['REDIRECT_***'] のような 'REDIRECT_' で始まる値はmod_rewriteの影響下でしか存在しないことになっています（たしか）。
ですので $_SERVER['REDIRECT_***'] を使用することで後々ハマることもありえます。

本件は確かmod_rewriteで複数ドメインを実現している環境の筈ですので杞憂かとは思いますが念の為。

seasoftさんは書きました：

しかし、他でも同様の影響があるかもしれないことを考慮すると、共通の初期化処理などで、スーパーグローバル変数 $_SERVER['REQUEST_URI'] の内容を、$_SERVER['REDIRECT_URL'] で上書きしたほうが良いような印象も。

seasoftさんは書きました：
変更するのは、Apache のソースを書き換えないといけない予感が・・・

上書きでしたら、通常の変数代入と同じく「 = 」演算子で可能です。

配置する場所は、色々と考えられますが、私なら SC_Initial 辺りを最初に検討するかも。