試していませんが・・・

４からの処理がアウトだと思われます。
サーバに投げた処理は、ブラウザを閉じたからといって
その時点で終了するわけではありません。

一般的に「処理中です...しばらくお待ち下さい」等の表示が出ている処理の最中に、ブラウザを閉じたり・登録系処理をするとDBがおかしくなりますので、そのような操作は行ってはいけません。
（完了時の処理が飛んだりします。）

レコードの増減については想像ですが、
４の処理が内部で動いている最中に
６の処理が走り、削除と追加を並行処理してるように
思われます。

増減につきましては、具体的な数値の変化を記載していただくと状況を推測しやすくなりそうです。

また、CSV のレコード数(≒行数)の情報もあると良いと思います。

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Seasoft
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ブラウザは閉じない方が良いのですね。ありがとうございます。

郵便番号DB登録後2日程経っていますが、増減については以下の通りです。
（各間隔 約10秒）
123541
124333
121077
127025
128767
119265
129401
125917
124564
129084
129718
127659
123383
122116
120849
117206
118315
120690

尚、最新の KEN_ALL.CSV は122990行ですからおかしいですね。

mtb_zip 空にして登録し直しましたが、今度は10時間経過しても完了せず。
mtb_zip レコード数は8万件前後（京都府辺り）を行ったり来たりしています。

今回は最悪、他のDBからエクスポートしてくることにします。
また、何か判り次第ご報告します。

無限ループに陥ってそうですね。

ところで・・・
レンタルサーバですか？
自社サーバですか？

自社サーバなら管理者権限でmysqlにログインして、実行中のプロセスを表示し、原因プロセスを殺せば復帰できるかと思われます。
（ただし危険な処理ですので、自己責任でお願いします。）

例：プロセス表示
mysqladmin processlist -u root -p

例：kill
mysqladmin kill [プロセスのid] -u root -p

ありがとうございます。

今回インストールしているサーバはレンタル共用サーバ（KDDI-CPI Z1コース）です。

以前何度かインストールした昔のバージョンのEC-CUBE（KDDI-CPI Z1同等コース）のmtb_zip をエクスポートしようとした所、これらも未だにレコード数の増減をしていることに気付きました。

一つはバージョン2.3.3
もう一つはバージョン2.3.4です。

恐らくは私のインストールミスなのでしょう。
CPIはEC-CUBEのインストーラー機能も搭載しているので、
そちらを試してみようと思います。

手順がおかしいです。

現状をレンタルサーバ側に報告し、対処をしてもらわなければならないケースかと思われます。

もちろん、ホスティング会社には連絡いたしました。

常にDBに負荷をかけている訳ではなく、phpmyadminアクセス時のSELECT文の処理結果の違いでなかろうかと言う事です。

確かに、KEN_ALL.CSVのデータは特に京都府辺りに一貫性がなく、

26103,"60112","6011255","キョウトフ","キョウトシサキョウク","カミタカノヒガシヤマ(55、57-6、64、65、71-1、71-21、","京都府","京都市左京区","上高野東山（５５、５７−６、６４、６５、７１−１、７１−２１、",1,0,0,0,0,0
26103,"60112","6011255","キョウトフ","キョウトシサキョウク","72、189、189-1バンチ)","京都府","京都市左京区","７２、１８９、１８９−１番地）",1,0,0,0,0,0

のように同じ郵便番号で複数行に渡って記述されている場合などもあります。

このため、１件として数えたり、２件になったりするのでないかと…。

今回はタイムアウトの時間を変え、最終的に12万件程のレコード数の登録が終わり、最終行のレコードも一致しているので、登録は終わっているのだと思います。

お騒がせいたしました。