[EC-CUBE] 2.12.1
[レンタルサーバ] さくらインターネット
[OS] Linux
[PHP] 5.3
[データベース] MySQL 5
[現象]
www.example.com と admin.example.com の2つのドメインがあり、どちらも同じサーバです。

この admin.example.com で、EC-CUBE の管理機能にアクセスできるようにしたいのですが、ログイン画面は表示されるものの、ログインしようとすると失敗してしまい「システムエラーが発生しました。大変お手数ですが、サイト管理者までご連絡ください。」というメッセージが表示されます。

DEBUG_MODE を true に設定したのですが、エラーメッセージが出力されないため、原因も分からず困っています。

こんばんは。

data/config/config.php の存在はご存知ですか？

ADMIN_DIRという、管理画面のディレクトリ名を任意の名前に変更できるパラメータはありますが、管理画面だけ別ドメイン名にはできないのではないでしょうか。

Rewriteモジュールの設定等によるカスタマイズが必要かと思います。