EC-CUBEを、さくらのレンタルサーバーへffftpで転送したのですが、２〜３時間ぐらいかかりました。普通はそれぐらい時間が、かかるものですか？　まさか５〜10分ぐらいで転送できる方法がありますか？　旧バージョンだったら、転送が速いのですか？　返答よろしくお願いします。

転送速度は通信速度やその他環境などにも依存するので、一概には何とも言えません。

転送の際に、他のプログラムを平行で実行していた場合などは、転送に時間がかかる場合があります。（動画や音楽をダウンロードしながらなど。。）
また、当然ですが一度解凍したファイルでは容量が大きくなりますので、ZIPのまま転送した方が早くなります。

＊次回はご質問の際に、サーバーのスペックなども合わせて記載して頂いた方が宜しいかと思います。（色々とプランによりスペックなども異なるので）

さくらのスタンダードで容量１０ＧＢです。宜しくお願いします。

情報ありがとうございます。

スタンダードという事は、通常の共有サーバーという事ですか。
VPSであればTCPが原因の可能性もあったのですが。

では以下の事をご確認してみて下さい。

1、ご自身がお使いの通信環境を確認して下さい。
他のサービスでは同様の現象は起きませんか？


2、サーバーのリソース情報(稼働状況)を確認して下さい。
リソースが高い様であれば、プログラムや使用方法、または使い方に合わせてサーバーのスペックを見直す必要があります。

回線も問題無く、サーバーリソースも低い、ハードな使い方をしていないにも関わらず速度が上がらない場合、他のユーザーが原因の可能性が考えられます。
共有なので他のユーザーの影響を受けている可能性も0ではありません。その場合、ご自身での解決は難しいので、一度さくらの運営会社へ状況を伝えて下さい。