EC-cube 2.11.4 を使用しており、jQuaryにてスライダーを設置したのですが、IE9のみWEBを開いた時に二枚の画像のうち切り替り後の画像が、瞬間表示されてしまいます。
過去ログに同様な書き込みがあり、参照致しました。
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=7817&forum=10

こちらの解答ではjQuary内を修正をと書いてあるのですが、素人同然で組み込みをしており、ログを参照した所ほぼ同様と思っているのですが、実際どのような対処をしたらよいのか分からず、安易かもしれませんが、お力になって頂けないかと思い書き込みをさせて頂きました。ご教示頂けますと幸いです。宜しくお願いします。

以下、実使用中の記述です
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<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('#slider').cycle({
fx : 'fade', /* fade, scrollLeft, scrollUp など */
speed : 1000, /* エフェクトのスピード */
timeout : 4000, /* スライドの間隔 */
easing : 'swing', /* easing */
cleartype : true,
cleartypeNoBg : true,
pause : 0 /* ホバー時の一時停止 */
});
});
</script>
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参照のURLの「AMUAMU」さんの答えにも書いていますが、
『jQueryがロードされ、処理がされる前に画像が表示されないようにcssで画像の要素は隠し、』
が基本だと思います。

ですので、分からないようであれば、html部分も必要になるかと思います。

また、このスライド（スライダー）のjsファイルは他にもありますよね？
そのスライドのjQueryのプラグインなども明記しないとわからないかと思います。

ただ、それ以前に、参照のURLに書いて有ります通り、単にJavascriptの問題でEC cubeのコミュニティーで聞く内容ではないないかと思うのですが・・・。

私も新米なので、なんとも言えませんが。

問題がおきているのはIE９のみで、他のモダンブラウザ（FireFox、Chrom）では問題なく動作しているという事でしょうか？

上記であればIE９特有のバグである可能性が高いです。
HTML側のソース、プラグインのjsを見て判断する必要があるので、頂いた情報だけでは申し訳ありませんが詳しい事は分かりかねます。

根本的な解決ではありませんが、スライダー系のプラグインは他にも多々ありますから、そちらを試してみるというのはいかがでしょうか。