参考までに、次のレンタルサーバーに EC-CUBE 2.12.3 をインストールしました。
詳細な動作は検証できていませんが。

(1) 圧縮ファイルの解凍ができない。
　　　　すべてのファイルを ftp でアップロード

(2) .htaccessの設定が無効
［環境］
PHP 5.2.8:
magic_quotes_gpc = on

MySQL 5.0.77-log:
character_set_client latin1
character_set_connection latin1
character_set_database latin1
character_set_filesystem binary
character_set_results latin1
character_set_server latin1
character_set_system utf8

ということで、下記の対策をとりました。

(a) magic_quotes_gpc
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=12656&forum=4&post_id=58192#forumpost58192
のとおりなので、無視させてインストールを続行する。

(b) MySQLの文字コード
無視させる。
data/module/MDB2/Driver/mysql.phpにて、関数 setCharset を、
function setCharset($charset, $connection = null)
{
return true;
}
に変更する。