システム要件等では、
PHP 5.1.6以上
magic_quotes_gpc = off
とあります。

data/class/SC_Initial.php内にて、「PHP5.0.0以上」AND「magic_quotes_gpc = on」の場合、関数 stripslashesDeepGpc で代替えされるようになっています。

ということは、
magic_quotes_gpc = on であっても、動作可能ということなので、
1. インストール時のチェックを外しても良いのでは？
2. PHP5.1.6以上なので、「PHP5.0.0以上」の部分のコーディングは不要では？

引用：
・ magic_quotes_gpc = on は、百害あって一利無しなので、常に OFF を前提にしても良いと思います
・stripslashesDeepGpc() は、どうしても magic_quotes_gpc = on の環境で動作させたい場合の保険としておけば良いかと思います。

引用：
EC-CUBE 2.11.5 までは、 PHP4 をサポートしていた名残りですね。