複数の店舗を設置する事はできるのでしょうか？

出来ると思う。

が、何をもって

> 複数の店舗を設置する事はできるのでしょうか？

とするか解らないので詳しく。

商品Aはエー店
商品Bはビー店で販売
で管理はひとつ管理画面で行う

２店舗あるとしたら
買い物かごがそれぞれあって
ひとつの買い物かごに違う店舗の商品が入らないようにする。

といった感じです。
分かりづらくてすいません。。

それって、商品Ａと商品Ｂの発送元が違うから分けたいとか？

そうなんです。
発送が別なので同買い物かごに入れられたくないんです。

なんなら複数種類の商品を購入できないようにしてもいいかな？
と思います。

おぉっと、同じことを考えている人見っけ！

私の改造が間に合わず、今現在ＮＳ２で運用しているショップは、
同じ理由（商品提供元が別々に存在）から、
仕方なく、２つのショップをぶちあげてます。
しかし、これだと管理が大変！

ということで、現在機能アップ中の送料計算ハックでは、
商品に発送元（生産地）属性を持たせて対応しちゃいました。
詳しくは、以下を参照してください。

http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=1407&forum=5

買い物する人に分かり易いように
同買い物かごに入れないようにすることって
できるのでしょうか？

買い物かごが複数存在させる事自体
無理とか･･･？？

それは可能＜同じ買い物かごに入れない＞だと思いますよ。
たぶんそんなに難しくなく、
過去に、osCommerce と Zen-cart で、カテゴリーを跨いだ商品はカートに入れられない…というようなチューニングをしたことがありますが、そんなに難しいことではなかったように思います。
EC-CUBE の場合も商品登録の際に多少考えての登録とすれば、カテゴリーで引っかける方法が一番簡単かと思いますがいかがでしょう？

それよりも、複数の買い物かごを存在させることのほうがやっかいでは？

あと、同じ管理画面で複数の店舗となると、商品マスタかカテゴリ、または取扱店舗マスタみたいなものを作り、そこにＡ店、Ｂ店、Ｃ店といったように属性でもつけないと、うまくいかないんじゃあないかと思います。
また、複数店舗同一マスタだと、登録されたお客様に対し、このお客はＡ店、このお客はＢ店…Ｃ店、というように、顧客マスタ側でも管理をされるのならまだしも、どれか１つに登録すると全店舗に登録されるというのはどんなもんでしょう。
EC-CUBE に限らず、その他複数店舗非対応ソフトにこの機能を追加するとなると、かなり手を入れないといけないのではないかと思います。