はじめまして。
私もEC CUBEを使ったサイトの構築を行おうとしております。

[EC-CUBE] 2.1.0-beta
[サーバ] テスト環境としてデスクトップPC
[OS] WindowsXP
[PHP] PHP 5.2.4
[データベース] MySQL 5.0.45-community-nt
[WEBサーバ] Apache2.2.6
[ブラウザ] IE6及びi-mode HTML Simulator IIなど
[現象] PCサイト(http://localhost/eccube/html/)は問題なく表示されるのですが、携帯サイト(i-modeのみ)をシミュレーター及びFOMA902i実機で検証したところ、「http://localhost/eccube/html/」へアクセスすると必ず
「http://localhost/eccube/html/eccube/html/mobile/」
に書き換わってしまいます。
他のシミュレータ(au、softbank)ではPCサイト用アドレスを入力すると
「http://localhost/eccube/html/mobile/」
となり問題なく表示されますので、現象としてはDocomoのみのようでした。
これより以前にレンタルサーバでも検証したのですが、まったく同様の現象が起こっています。

レンタルサーバの時は、
[EC-CUBE] 2.0.1　及び　1.4.6
[レンタルサーバ] RapidSite
[OS] FreeBSD4.7
[PHP] PHP 4.4.1
[データベース] MySQL 4.1.14
となっています。

「基本情報管理」は一切触っておりませんが、EC CUBEの解説から「特に何の設定もせずに携帯サイトが表示される」と理解しておりました。

この現象についてご存知の方がいらっしゃいましたら、是非ご指導のほどよろしくお願いいたします。