Apache で http:// は htdocs と https:// は ssldocs を分けた設定をしています。

アクセスを https:// に限定したかったので ssldocs に EC-CUBE をインストールして、インストール後に管理画面に移動する際、ページが見つからないエラー(404 not found)になってしまいます。

インストールする際、html/ を除いた形でインストールする方法を使いました
「インストール時にURLからhtmlを無くす手順」
http://ec-cube.github.io/remove_html

試しに、ssl.conf の DocumentRoot を htdocs と、http:// でも https:// でも同じフォルダを見るような設定をした場合は、インストール後に管理画面に移動しても正しく管理画面が表示され、操作も問題ありません。

EC-CUBE3 が、htdocs とssldocs は、同じフォルダを指す必要があるのでしょうか？
もし、わけられるのであれば、その方法を教えていただけませんでしょうか？

ご面倒をおかけしますが、よろしくお願いします。