$app['eccube.service.cart'] (中身は\Eccube\Service\CartService) に格納されているオブジェクトAを編集するために、プラグインからサービスプロバイダでPimpleのextend()、share()を用いて編集しました。

しかし、このオブジェクトAは、\Eccube\Service\CartServiceにて、エンティティマネージャからgetRepository()、find()を用いて、DBからEntityオブジェクトとして取得されたものが格納されており、実際にサービスプロバイダでこのオブジェクトAに変更を加えると、あるページでは、$app['eccube.service.cart']を呼び出した後にflush()されているためか、DBが更新されてしまいます。

具体的には、カートで購入手続きを行う際、

CartController::index (SHOPPING CART)
→ CartController::buystep (ログインかゲスト購入の選択)
→ ShoppingController::index (ご注文内容のご確認)

と手順を踏むのですが、ShoppingController::indexページに行くと、DBが更新されてしまいます。(おそらくflush()されているため)
getRepository()、find()を用いてDBからEntityオブジェクトを取得すると、それがDoctorineによって追跡されるらしいのですが、
この追跡を止める方法はないでしょうか？そもそもgetRepository()から取得したものは編集しないほうがよいのでしょうか？

エンティティをDoctrineから解放するにはdetachメソッドが利用可能です。

$app['orm.em']->detach($entity);

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