EC-CUBE2.1.2を利用させて頂いております。
管理機能のCSV出力設定−高度な設定で設定したSQLによって出力されるCSVなのですが、手元の環境だと1レコード毎の改行コードがLFのみで出力されるようです。
　検索してみたところ以前1.x系のバグトラックでは
http://svn.ec-cube.net/open_trac/ticket/148
ということで修正されているようなのですが、2.x系では漏れているんでしょうか？
それともここで修正済みのCSV出力は高度な設定で利用しているCSV出力とは別のモノなのか……。
　ちょっと判断が付けがたいので投稿させて頂きました。