EC-CUBE4でサイトの開発を行っています。
初心者なので知識が不足していることが多々あるかと思いますが、よろしくお願いいたします。

代引き手数料を金額ごとに〇円以下なら〇円というように以下のように設定しました。
代金引換：1～10,000円の場合手数料300円
代金引換：10,001～30,000円の場合手数料400円
代金引換：30,001～100,000円の場合手数料600円
代金引換：100,001～300,000円の場合手数料1,000円

しかし、商品購入ページの手数料部分がデフォルトで1.000円と表示されます。支払い方法を選択するまでは0で表示されるもののだと思っていたのですが違うのでしょうか？

一応、支払い方法で代金引換を選択すると指定した通りの金額で表示され直すのですが、一見「手数料1,000円？！」とややこしいので支払い方法を選択するまでは0にするか「手数料：支払い方法を選択してください」とかの表示にできればと思っています。

もしかして代金引換で登録した順番が手数料1,000円のものからなので、登録順（ID順）なのかなとも思ったのですが、教えて頂けると大変助かります。よろしくお願いいたします。

ご注文手続き画面で表示される「お支払方法」の並び順ですが、
管理画面内の「支払方法一覧」画面で設定されている並び順が有効になる仕様だったかと思います。

ただ、設定している支払方法で利用条件で金額の下限、上限を設定している場合は、カートに入っている商品の金額に応じて選択できる支払方法が動的に出し分けされます。