どのようにすればプラグインのアップデートができそうでしょうか？

EC-CUBE
4.0.6-p1

サーバーOS
Linux

DBサーバー
MySQL 5.7.38-log

WEBサーバー
Apache/2.4.46 ()

PHP
7.4.11 (Core, date, libxml, openssl, pcre, zlib, filter, hash, Reflection, SPL, session, standard, cgi-fcgi, bz2, calendar, ctype, curl, dom, mbstring, fileinfo, ftp, gettext, iconv, intl, json, exif, mysqlnd, PDO, Phar, SimpleXML, sockets, sqlite3, tokenizer, xml, xmlwriter, xsl, zip, mysqli, pdo_mysql, pdo_sqlite, xmlreader)

[導入プラグインの有無]
・Web API 1.0.0 Api
・PGマルチペイメントサービス決済プラグイン 1.0.9
GmoPaymentGateway4
・商品おすすめ順並び替えプラグイン for EC-CUBE4 1.0.4
ProductDisplayRank4

[現象]
上記プラグインをEC-CUBEの画面からアップデートしようとするとエラーが出てしまいアップデートできない。
また、有効だったプラグインが無効になってしまう。

エラーメッセージは
**************** Disable ****************
**************** Upgrade ****************
<warning>Deprecation warning: require.ec-cube/Api is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube/api instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.</warning>
<warning>Deprecation warning: require.ec-cube/GmoPaymentGateway4 is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube/gmopaymentgateway4 instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.</warning>
<warning>Deprecation warning: require.ec-cube/PayPalCheckout is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube/paypalcheckout instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.</warning>
<warning>Deprecation warning: require.ec-cube/ProductDisplayRank4 is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube/productdisplayrank4 instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.</warning>

In JsonConfigSource.php line 212:

The file "./composer.json" is not writable.


config [-g|--global] [-e|--editor] [-a|--auth] [--unset] [-l|--list] [-f|--file FILE] [--absolute] [--] [<setting-key>] [<setting-value>]...


{"success":false,"log":"\u003Cwarning\u003EDeprecation warning: require.ec-cube\/Api is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube\/api instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.\u003C\/warning\u003E\n\u003Cwarning\u003EDeprecation warning: require.ec-cube\/GmoPaymentGateway4 is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube\/gmopaymentgateway4 instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.\u003C\/warning\u003E\n\u003Cwarning\u003EDeprecation warning: require.ec-cube\/PayPalCheckout is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube\/paypalcheckout instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.\u003C\/warning\u003E\n\u003Cwarning\u003EDeprecation warning: require.ec-cube\/ProductDisplayRank4 is invalid, it should not contain uppercase characters. Please use ec-cube\/productdisplayrank4 instead. Make sure you fix this as Composer 2.0 will error.\u003C\/warning\u003E\n\nIn JsonConfigSource.php line 212:\n \n The file \u0022.\/composer.json\u0022 is not writable. \n \n\nconfig [-g|--global] [-e|--editor] [-a|--auth] [--unset] [-l|--list] [-f|--file FILE] [--absolute] [--] [\u003Csetting-key\u003E] [\u003Csetting-value\u003E]...\n\n"}

引用：

上記のプラグイン以外に、Paypalのプラグインをインストールしていませんか？

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
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しています！
PayPalのプラグインはアップデートをする予定がなかったため記載しておりませんでした、すみません、、

PayPalのプラグインが問題なのでしょうか？

EC-CUBEインストールフォルダ配下に「composer.json」というファイルがあると思いますが、パーミッション設定はどの様になっていますでしょうか？

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-rwxrwxrwxで、ほぼ全権限がある状態でした。

パーミッション権限が、全権限あるのであれば
引用：
という書き込めないというエラーは出ないと思いますが...

EC-CUBEログを確認できますか？
どのようなエラーが出ますでしょうか？
EC-CUBEのログであれば、var/log/prod/site-yyyy-mm-dd.log に「システムエラーが発生しました」といった行がありましたらご提示ください。

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こちらでしょうか、、？

**************** Disable ****************
<!doctype html>
<html lang="ja">
<head>
<meta charset="utf-8">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no">
<title>システムエラーが発生しました。</title>
<meta name="robots" content="noindex,nofollow"/>
<link rel="icon" href="/html/template/admin/assets/img/favicon.ico">
<link href="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/font-awesome/4.7.0/css/font-awesome.min.css" rel="stylesheet" integrity="sha384-wvfXpqpZZVQGK6TAh5PVlGOfQNHSoD2xbE+QkPxCAFlNEevoEH3Sl0sibVcOQVnN" crossorigin="anonymous">
<link rel="stylesheet" href="https://use.fontawesome.com/releases/v5.3.1/css/all.css">
<link rel="stylesheet" href="https://use.fontawesome.com/releases/v5.3.1/css/v4-shims.css">
<link rel="stylesheet" href="/html/template/admin/assets/css/bootstrap.css">
<script src="https://code.jquery.com/jquery-3.3.1.min.js" integrity="sha256-FgpCb/KJQlLNfOu91ta32o/NMZxltwRo8QtmkMRdAu8=" crossorigin="anonymous"></script>
</head>
<body id="error-page" class="bg-light">

<div class="c-container">
<div class="c-contentsArea">


<div class="container" style="margin-top: 150px;">
<div class="row">
<div class="col-12 col-sm-6 offset-sm-3">

<div class="text-center p-5 bg-white">
<h3><i class="fa fa-exclamation-triangle fa-lg ml-1"></i>システムエラーが発生しました。</h3>
<p>大変お手数ですが、サイト管理者までご連絡ください。</p>
<a href="/showdesign_ec_admin/" class="btn btn-info btn-lg">ログイン画面へ</a>
</div>
</div>
</div>
</div>

</div>
</div>

<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/popper.js/1.14.7/umd/popper.min.js" integrity="sha384-UO2eT0CpHqdSJQ6hJty5KVphtPhzWj9WO1clHTMGa3JDZwrnQq4sF86dIHNDz0W1" crossorigin="anonymous"></script>
<script src="https://stackpath.bootstrapcdn.com/bootstrap/4.3.1/js/bootstrap.min.js" integrity="sha384-JjSmVgyd0p3pXB1rRibZUAYoIIy6OrQ6VrjIEaFf/nJGzIxFDsf4x0xIM+B07jRM" crossorigin="anonymous"></script>
<script src="/html/template/admin/assets/js/function.js"></script>
</body>
</html>

> こちらでしょうか、、？
ちがいます。

下記のファイルを確認してください。
EC-CUBEのログであれば、var/log/prod/site-yyyy-mm-dd.log に「システムエラーが発生しました」といった行がありましたらご提示ください。

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