会員登録時に500ポイント付与しています。

そして、商品購入時には1%のポイント付与をする設定にしています。

購入時にポイントを利用しない場合は、問題なくポイント計算されるのですが、
ポイントを使用した場合に、ポイントの付与が極端に少なくなります。


例）5200円の商品を購入する際に、500ポイント利用して購入した場合、
4700円なので、1%のポイント付与で、47ポイントつくはずが、2ポイントしかつかない。

バージョンは2.4.1です。

バグでしょうか？よろしくお願いします。

これは私も同じ症状に悩まされており、こちらで質問もした事があるのですが、解決策が見つからなかったので、結局は手動でポイントを修正するようにしています。
ポイント付与率によって、生じる誤差の違ってきます。

私の場合は実際より多く加算される問題が発生しています。
確か付与率１０％だと使用ポイントの9%分、２０％だと14%分くらいの誤差が生じます。
例えば、付与率２０％の場合、10000円で1000ポイントを利用した場合は、1800ポイントを付与されるのが正しいのですが、1000ポイントの14%分が加算されて1940ポイント加算される計算になってしまっています。
なので、私は上記の場合は多く付与される140ポイントを手動で差し引いて調整しています。
これはポイントを使用した場合のみ誤差が生じます。

なんとか改善できると良いんですけどね。
良い方法があれば良いのですが。。。