バージョン1.3.2安定版で、複数の環境を作ってテストしてみました。
htdocs\cube132というフォルダーをつくり、こちらがメインで動きます。
但し、DATA_PATHの参照先を、htdocs\common　にして稼動テストをしてみたところ、管理画面側プログラムで下記の分がエラーになります。
細かくデバッグしていないのでエラー原因はわかりませんが、参照先のコーディングルールが統一されていないせいか、担当プログラマーに依存しているのか、それともぜんぜんちがう原因なのか。。

他の管理画面側プログラムでは発生していませんので、潜在バグとして認識していただければと思います。

基本情報：SEO管理：
Fatal error: Cannot redeclare sfgetpagelayout()
(previously declared in C:\xampp\htdocs\cube132\data\include\page_layout.inc:15) in C:\xampp\htdocs\common\data\include\page_layout.inc on line 52

デザイン管理：
Fatal error: Cannot redeclare sfgetpagelayout()
(previously declared in C:\xampp\htdocs\cube132\data\include\page_layout.inc:15) in C:\xampp\htdocs\common\data\include\page_layout.inc on line 52


システム設定：モジュール管理：
Fatal error: Cannot redeclare _pear_call_destructors()
(previously declared in C:\xampp\htdocs\cube132\data\module\PEAR.php:759) in C:\xampp\htdocs\common\data\module\PEAR.php on line 790

システム設定：バックアップ管理：
Fatal error: Cannot redeclare _pear_call_destructors()
(previously declared in C:\xampp\htdocs\cube132\data\module\PEAR.php:759) in C:\xampp\htdocs\common\data\module\PEAR.php on line 790