ECCUBEデビューしたばかりなので、詳しいことはわかりませんが、
DEBUG_MODE をtrueにしてもそのようなことは起こりません。（同じ2.12.1）

参考までに・・・

こんにちわ。
EC-CUBE2.12.1を導入したのですが、管理画面のレイアウト設定でブロックを配置する部分が見えなくなっています。
また、未使用ブロックにもなにもありません。
こちらは不具合でしょうか？
それともなにか設定が必要でしょうか。
分かる方ご教授お願いいたします。

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DEBUG_MODE をtrueにするとそうなるみたいです。
自己解決です。