手順に沿って再インストールを2回試しましたが、
管理画面にアクセスが出来ませんでした。

EC-CUBE 開発ドキュメント：インストール時にURLからhtmlを無くす
http://doc.ec-cube.net/quickstart_remove-html

上記ページに記載があった、

.htaccess.sampleweb
.config.sample

に関しては、さくらサーバーのクイックインストールで設置した
EC-CUBEには存在しなかったので、

この2ファイルのみ、別途ダウンロードした eccube-3.0.15
フォルダ内のファイルで対応しました。



専用のディレクトリ内に、html有りでカスタマイズを進めて
完了後にさくらサーバーのドメイン設定・指定フォルダを変更にて
DocumentRootを変更する方法で検討したいと思います。

DocumentRootを変更する場合、
現在存在しているその他のページのディレクトリも移動が必要であるため、
その変更がSEOに悪影響を与えるのか、問題が無いのか、
ご存知の方がいらっしゃいましたら、教えていただけましたら幸いです。

よろしくお願いいたします。

教えていただきありがとうございます。

どちらの方法を選ぶか検討いたします。

出来ない事はないと思いますが、
私が経験した限りでは、ご質問いただいているように管理画面にアクセスできなくなったとか、カートに商品が入らないとか、購入が完了しないとか、
部分的におかしくなる事があり、原因が分からないまま、苦労した事があります。
なので、私は出来るだけ、その方法を取らないように注意しています。
もし、どうしても上記のような方法でリリースせざるを得ない場合は、(別の場所で開発したECCUBE3を現行本番環境へコピーして更新するような場合)
2～3日サイトを休止状態にしてもらえるようお願いしています。

カスタマイズが終了したら、ルートディレクトリの中身を変更したい場合、
私が作業するのであれば、サーバ等の条件は限られますが、
バーチャルホストにサブドメインで設定して、現行のサイトとは別のディレクトリを用意し、
自分のPCのhostsファイルにそのサブドメインを登録した後、
ルート直下にECCUBEをインストールしてカスタマイズを行います。

カスタマイズが完了し、本番切替を行う場合、サーバのDocumentRootを変更します。
この方法であれば、何かあった場合、再度、DocumentRootを元に戻す事で、簡単に旧サイトに戻す事が出来きますので、多少は安心です。

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株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog

ご回答ありがとうございます。

現在、別のカートシステムを利用した
ECを兼ねたコーポレートサイトが存在しており、

カスタマイズが完了したら、再度、ルートアドレスを、そのコーポレートアドレスに変更したいと考えておりました。
（今回htmlを無くしたルートの、もうひとつ上に移動）

いただいたアドバイスから、
外から見えない環境でカスタマイズした後に
本番環境に移動するということは、
EC-CUBEでは難しいのでしょうか。

インストール後に構造を変えるのは、htaccess（mod_rewrite）の知識がある人でも、
なかなか難しいと思います。
（何故か上手くいかないという事が多いです）
まだインストール直後であれば、再インストールした方が早いと思います。

http://doc.ec-cube.net/quickstart_remove-html
にあると思いますが、
インストール前のファイルの移動などの作業をきちんとして、インストールすればうまくいくかと思います。

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株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog

以下の情報を参考に、EC-CUBE 3.0.13をインストール後に、
ルートの変更を行いました。

EC-CUBE3のインストールとルートURLの変更
https://magnets.jp/web_design/4625/


PHPのルート変更および、

app\config\eccube\path.yml
のデータに関して、

# base valiables
root_urlpath:
から、
/html
を削除しました。

トップページのルート変更には成功しましたが、
管理画面にアクセス出来なくなりました。
（htmlあり、無し、両方確認しました）


以下のページも読みました。

インストール時にURLからhtmlを無くす
http://doc.ec-cube.net/quickstart_remove-html


管理画面（ログイン画面）の表示方法を教えていただきたいです。
よろしくお願いいたします。




[EC-CUBE] EC-CUBE 3.0.13、新規インストール
[レンタルサーバ] さくらサーバー
[OS] Windows 7
[PHP] PHP 7.1
[データベース] MySQL 5.5
[WEBサーバ]
[ブラウザ] Chrome
[導入プラグインの有無] 無
[カスタマイズの有無] ルート変更
[現象] 管理画面にアクセスできない