該当テーブルに予期しないレコードが生成されている、
ということであれば、導入されているプラグインか何かしらカスタマイズ等の不具合と思われますので、デバッグして処理を確認する必要があるかなと思います。

[EC-CUBE] 4.0.5
[PHP] 7.1.32
[データベース] mysql
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] chrome
[導入プラグインの有無] 有


管理画面の商品管理→カテゴリ管理でカテゴリ数がいきなり重複しており、dtb_categoryの重複分をクエリで削除しても、何か（キャッシュ削除？）のタイミングでまた増えています・・・。

フロント画面のカテゴリの表示は重複して表示されていないのですが、どなたかご存じの方がおりましたらご教授頂ければ幸いです。