どのようなエラーが発生しているか、によって対応方法は変わってくると思います。
エラーログを確認されてみては如何でしょうか？

ただ、カスタマイズが影響してエラーが発生しているようであれば、カスタマイズしたソースコードや仕様を解析していく必要があるのではないでしょうか？

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株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
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■blog

[EC-CUBE]
　EC-CUBE2.13.5

[PHP]
　PHP 5.6.30

[データベース]
　MySQL 5.0.95

[現象]
　他会社様より製作されたお客様のEC-CUBEが、特定のカテゴリを削除するとPC画面が「HTTP ERROR 404」が表示されてしまいます。

・お客様のEC-CUBEを制作されたところ：他社（エラーについては、即日対応不可とのこと）
・特定のカテゴリの削除：お客様
・私の位置：EC-CUBEの別機能を対応する担当者
・特定のカテゴリ：カテゴリ一覧の3階層目に登録されていたもの
・特定カテゴリが登録されていた3階層には、他にも複数のカテゴリが登録

[解決したいこと]
・PC版の画面を元に戻したい
・カテゴリを削除または追加などをしても、PC版の画面が表示されるようにしたい

[解決するにあたってのご質問]
・現在の状態で、”確認するべきところ”や”やった方が良いこと”などありましたらご教授のほどよろしくお願いいたします。