サーバにsshで接続し、tarコマンドを用いればバックアップの取得は可能です。
下記参考ページです。

https://qiita.com/a05kk/items/11fd3692eb8f6476dbb3

ファイル一式と、データベースのダンプ(取得方法がわからない場合はサーバー管理者の方へお問い合わせください)があると良いと思います。
ファイルは Git などでバージョン管理することをおすすめします

EC-CUBE４のバックアップ方法を教えて頂けないでしょうか？
プラグインのアップデートをする前に
バックアップを取って下さいと言われました。
が、方法が全くわかりません。
プラグインなどがあるのでしょうか？
どなたか教えて下さい。
よろしくお願い致します。