すでにcartという変数が宣言されているという内容です。

自作された部分のコードを見直してみてください。

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引用：
javascriptでエラーが確認できました。初めて見るエラーです。

VM9387:1 Uncaught SyntaxError: Identifier 'cart' has already been declared
at w (jquery.js:133:12)
at He (jquery.js:6114:8)
at x.fn.init.append (jquery.js:6250:10)
at x.fn.init.<anonymous> (jquery.js:6344:18)
at U (jquery.js:4171:8)
at x.fn.init.html (jquery.js:6311:10)
at Object.<anonymous> (22:1302:51)
at l (jquery.js:3500:31)
at Object.fireWith [as resolveWith] (jquery.js:3630:7)
at C (jquery.js:9796:14)
w @ jquery.js:133
He @ jquery.js:6114
append @ jquery.js:6250
（匿名） @ jquery.js:6344
U @ jquery.js:4171
html @ jquery.js:6311
（匿名） @ 22:1302
l @ jquery.js:3500
fireWith @ jquery.js:3630
C @ jquery.js:9796
（匿名） @ jquery.js:10057
load（非同期）
send @ jquery.js:10076
ajax @ jquery.js:9690
（匿名） @ 22:1297
l @ jquery.js:3500
fireWith @ jquery.js:3630
C @ jquery.js:9796
（匿名） @ jquery.js:10057
load（非同期）
send @ jquery.js:10076
ajax @ jquery.js:9690
（匿名） @ 22:1279
dispatch @ jquery.js:5430
m.handle @ jquery.js:5234
他 20 件のフレームを表示
一部表示

引用：

コードの間違い等再度色々確認してみたんですが、やはり分からず,,,
jsコードはそんなに難しいことは書いていません。

下記js
// カート
const cart = document.querySelector(".cart__navi");
const cartAction = document.querySelector(".action__menu");
const cartBack = document.querySelector(".cart__back");
const cartNone = document.querySelector(".action__none");

// カートに進むor商品が入っていない場合のトグル
if (cart) {
cart.addEventListener("click", () => {
if (cartAction) cartAction.classList.toggle("action");
if (cartNone) cartNone.classList.toggle("action");
});
}

// カートから戻る場合のトグル
if (cartBack && cartAction) {
cartBack.addEventListener("click", () => {
cartAction.classList.toggle("action");
});
}

<a>タグなんですね。

だとすると書き込んだjsファイルというものが干渉しているかもしれませんし、<a>要素の上に何か重なってるかもしないですし、今の情報からはなんとも言えないですね。

ブラウザのdeveloperツールでデバッグしてみるしかなさそうです。

少なくとも「jsが効かなくなります。」ということなので、jsのコードを書かないと分からないでしょうね。

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引用：

確かに表示をしたくない為消しています。私の表示したい所のみのコード。
{% if totalQuantity > 0 %}
<div class="cart__action">
<div class="action__menu">
<a class="cart__go" href="{{ url('cart') }}">{{ 'カートへ進む'|trans }}</a>
<a class="cart__back">{{ 'キャンセル'|trans }}</a>
</div>

{% else %}
<div class="action__none">
<div class="ec-cartNaviNull__message">
<p>{{ '現在カート内に商品はございません。'|trans }}</p>
</div>
</div>
</div>
{% endif %}
この周りに<div>で囲めばいい等感じでしょうか？

おそらくエラーではないですね

もともとカートブロックにあったec-cartNaviIssetなどのクラスを消してしまっていませんか？

もともとのクラスを消してしまうと、javascriptが動作しなくなることがよくあります。

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引用：

エラーが出ておらずおそらく読み込まれていないような感じです。

jsとhtmlに間違いがない確認しましたが、あっておりカート情報が更新がされた後はjsが効かなくなります。カートの内容を変えているのでｈｔｍｌのclassは独自に設定したものになっておりコードミスはなかったので問題はないかと,,,

> 一つだけ不具合がありまして、商品を入れた後カートをクリックしても反応しなくなりました。（私の設定したjsが読み込まれていない？）私の書き込んだjsファイルの読み込みの位置が悪い？（読み込み場所はdefault__frame.twig内のeccube.jsの下で読み込んでます）改善方法のご教授をいただきたく。

JSでエラーが出ているなら、ブラウザ開発ツールのコンソール部にエラーが出ているはずです。
また、同じくブラウザ開発ツールでデバッグする事も出来るはずです。

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引用：

カート内を修正する事でhtml変更しcssが効いた状態でリアルタイム反映され表示されるようになりました。ありがとうございます。
一つだけ不具合がありまして、商品を入れた後カートをクリックしても反応しなくなりました。（私の設定したjsが読み込まれていない？）私の書き込んだjsファイルの読み込みの位置が悪い？（読み込み場所はdefault__frame.twig内のeccube.jsの下で読み込んでます）改善方法のご教授をいただきたく。

> 上書きされてテンプレートのhtmlとcssのデザインへ戻されてしまいます。
> 本当は僕の設定したhtmlとcssのままリアルタイム更新したいです。
> 例えばjsのコードの位置直し方の教えて戴けると助かります。

まず、どの画面のどの箇所を言っているのか説明が不十分なので分りません。
仮に、フロント側のトップページ等にあるカートに入っている商品数・金額というであれば下記です。

●twig部
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/4.2/src/Eccube/Resource/template/default/Block/cart.twig

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