ソースをざっと見てみたところ、プラグインの挙動は.htaccessを書き換えているだけのようなので
.htaccessを戻せば解除されるはずな気がします。

CDNなどでキャッシュされていなければ、
戻した.htaccessが別の場所のもので戻すべき.htaccessが別にあるなどは考えられそうな気がします。


app/config/eccube/path.ymlで、root_dirの値に"/html"をつけた場所が書き換えられた.htaccess.mm_copyの設置される場所になっているようです。
その辺り確認してみると良いかもしれません。

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ご返信有難うございます！

> 通常状態への移行
> 状態を「無効」にして更新ボタンをクリックしてください。
こちらは管理画面に入れないためできておりませんが、上のレスで頂いた方法を試してみようと思います。

> 管理画面のアクセス制限をかけていない場合は、管理画面へもアクセスできませんので以下の手順で通常状態へ移行してください。
> {EC-CUBE インストールディレクトリ}/html を表示
> .htaccess ファイルを削除
> .htaccess.mm_copy ファイルを .htaccess に名前変更
EC CUBEのカスタマイズの影響なのか「.htaccess.mm_copy」ファイルが生成されておりませんでしたが、.htaccessファイル周りは確認し、元の状態へ戻す作業は行いました。ですが、状況は変わりませんでした。

行ったこととしては以下内容になります。
・DBに変更がないか確認（変更があればあった部分を直す）
・本件のプラグインを確認し、メンテナンスモードを解除する手順を試す。
・PHPキャッシュをリセットする。

コード公開されてますね。
https://github.com/shhirose/MaintenanceManager

ここに書いてある「通常状態への移行」の手順は全て行った感じでしょうか？

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プラグインのコードがわからないので何とも言えないですが・・
SSHでログインしてコマンドで無効化してみるのはありかと思いました。



プラグインの開発者に確認が必要ならサポートのメールアドレス書いてあるので直接連絡した方が良いと思います。

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▼テンプレート
[EC-CUBE] ECCUBE 3.0.12-p1
[レンタルサーバ] AWS
[OS] Amazon Linux AMI release 2016.09
[PHP] PHP 5.3.29
[データベース] MySQL 5.6.35
[WEBサーバ] Apache 2.2.34 (Unix)
[ブラウザ] Chrome
[導入プラグインの有無] いくつかありますが今回お伺いしたいのはメンテナンス管理(EC-CUBE 3系)
[カスタマイズの有無] 有、引き継ぎ担当者からの情報がなく具体的には不明ですがソースコードを見ることはできます。
[現象] メンテナンス管理(EC-CUBE 3系)を使用しメンテナンス機能を有効にしたところ元に戻せなくなってしまいました。
htaccessファイルの修正やmaintenance.htmlの削除は行ったものの、管理画面にも入れず、表示も変わらずでどうすればいいか打つ手がなくなってしまった状態です。

願わくばプラグインの開発者様に本プラグインの挙動をお伺いし、調査範囲を絞って行きたい意図で質問致しました。

プラグインURL
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1037