結局、一度インストールしたEC CUBEを一旦削除し、
設定を以下のように変更して再度インストールし直しましたら、２店舗できました。

■Apacheの設定

DocumentRoot "C:/Program Files/Apache Software Foundation/Apache2.2/htdocs"

<Directory "C:/Program Files/Apache Software Foundation/Apache2.2/htdocs">

<IfModule dir_module>
DirectoryIndex index.html index.php
</IfModule>

■Apacheのhtdocs内に
index.html(各店舗への遷移先リンク記入)
shopAディレクトリ内にEC CUBEインストールフォルダ
shopBディレクトリ内にEC CUBEインストールフォルダ

■インストール起動時
URL:http://sitename/shopA/html/install/
URL:http://sitename/shopB/html/install/

Seasoftさん、kishikさん、AMUAMUさんご意見ありがとうございました。
/data/install.phpの変更も大変勉強になりました。ありがとうございます

引用：

正式版は \data\install.php のHTML_PATHやDATA_PATH（URL_DIRもかな？）あたりの書き換えが必要ですね

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配置自体は設計次第で、色々と考えられるので、どれが正解とはいい難い部分があります。

・Windows + IIS
・Unix + Apache
・Windows 2008 + Apache
なら、良いアイディアがあるのですが、Windows + Apache は普段やらないので、アイディアを持ち合わせていない部分です。

> インストール済みのフォルダを移動しても正常に動くのでしょうか？

EC-CUBEコミュニティ(eccube-comu)ならそのままで動きますが、正式版は /data/install.php 辺りの書き換えが必要だったような。

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Seasoft
こちらでの投稿は、アイディア程度に留めさせていただいております。
個別案件の作業は有償で承っております。お気軽にご相談ください。

seasoftさん
データベースの件どうにかなりそうです。ありがとうございます。
ところでApacheの設定でお聞きしたいことがあります。
現在の設定では下記のようにしているのですが、

DocumentRoot "C:/Program Files/Apache Software Foundation/Apache2.2/htdocs"
DocumentRoot "C:/eccube-2/eccube/html"

#<Directory "C:/Program Files/Apache Software Foundation/Apache2.2/htdocs">
<Directory "C:/eccube-2/eccube/html">

<IfModule dir_module>
DirectoryIndex index.php
</IfModule>

Apacheの設定で本来であれば、htdocsの中にeccubeのフォルダを入れ
てインストールすべきところ、ｃの直下でインストールしてしまいました。
複数インストールするのであれば、現在cの直下にあるものもhtdocsの中に移動しなくてはならないかと思うのですが、インストール済みのフォルダを移動しても正常に動くのでしょうか？

> とお書き頂いておりますが、例えば私どもの場合ですと、postgresのユーザを店舗数だけ作成するということになるのでしょうか？

ユーザは1つで、DBを複数というのも可能です。


> また、EC-CUBEを複数インストールするときは、同じドライブにインストールして宜しいのでしょうか？

EC-CUBE としての制約は無いと思います。
どれだけの負荷がかかるかに依存して判断が分かれます。

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Seasoft
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seasoftさん

早々にご回答をくださいまして、有難うございます。

>ＤＢを複数利用できる環境

とお書き頂いておりますが、例えば私どもの場合ですと、postgresのユーザを店舗数だけ作成するということになるのでしょうか？

また、EC-CUBEを複数インストールするときは、同じドライブにインストールして宜しいのでしょうか？

単なる宣伝で恐縮ですが、
弊社では多店舗型（モール型）のEC-CUBEカスタマイズ製品を
取り扱っていますよ。

おそらくご自分で構築される方向だと思うのですが、
もしご希望でしたらご連絡ください。


-----
カスタマイズ承ります
http://ec-cube-mall.jp/
http://ec-cube.ec-orange2.jp/
http://wiki.ec-orange2.jp/

> この様な場合、EC-CUBEを仕入先の店舗数だけ、インストールするのでしょうか？

EC-CUEB を標準のままで利用する場合、それが原則だと思います。


> その場合、同一のサーバでも複数インストールができるのでしょうか？

DBを複数利用できる環境でしたら、可能です。

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Seasoft
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現在１店分の仕入先商品を取り扱うため、EC-CUBEで開店準備をしております。

将来的に複数の仕入先との商売を考えており、例えば、弊社のＴＯＰページに、複数の仕入先の入り口だけを持ち、仕入先毎に管理をしたいと考えております。

この様な場合、EC-CUBEを仕入先の店舗数だけ、インストールするのでしょうか？その場合、同一のサーバでも複数インストールができるのでしょうか？

それとも、何か設定を変更しなければならないのでしょうか？

初心者のため、できましたら、詳しく教えていただけると助かります。（インストールの際も、かなり苦戦しました。）

環境は以下のとおりです。

[EC-CUBE] Version 2.4.0
[OS] Windows2000サーバ
[PHP] PHP 5.2.9-2
[データベース] Postgresql 1-8.3.7-1
[WEBサーバ] apache2.2.11
[ブラウザ] Firefox3.0.11

どうぞよろしくお願い致します。