EC-CUBEをサーバーにインストール後、独自SSLを購入する場合、何か不具合やまた面倒な設定などありますでしょうか？
インストールする前に、サーバー上で独自SSLを購入し、準備万端で、インストールした方がスムーズでしょうか。
（サーバーはヘテムルです。）

また、インストール時のサイト設定の部分で、独自SSLを後で購入するつもりでも「URL（セキュア）」の部分に「https:///wwww.domein.com」のように記入しても大丈夫でしょうか？

SSLを適用するだけならば、後からinstall.phpを修正するだけで行けるかと思います。

インストール時にhttpsで名前を付けてしまうと、ヘテムルだとアクセスが出来なかったような・・・・動作確認が取れないという問題があるかと思います。

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ご返信ありあとうございます。

以下のページの通り行ってみようと思います！
http://www.propambition.com/wordpress/ec-cube%e3%80%80%e5%be%8c%e3%81%8b%e3%82%89ssl%e3%82%92%e8%a8%ad%e5%ae%9a%e3%81%99%e3%82%8b%e6%89%8b%e9%a0%86/