管理画面の「商品管理」＞「商品登録CSV」でCSVファイルを選択して「この内容で登録する」ボタンを押すとサブウインドウが立ち上がり「CSV登録進捗状況」が出て進捗が表示されていくのですが、187行目から198行目ぐらいで進捗表示がとまってしまい登録が完了しません。
少ないデータをアップロードすると正常に登録完了します。
登録のボタンを押してから約20秒ほどで進捗表示がとまってしまいます。
アップロードする毎に進捗で表示される行数が異なっているのでデータの問題というよりタイムアウトしてるような感じなのですが、画面にエラーメッセージが出力されないので何が原因かわかりません。
（EC CUBE初心者なのでネットで調べて「システム設定」＞「パラメータ設定」のDEBUG_MODEはtrueに設定済みです。）

PHPのバージョンはPHP Version 5.2.17で
タイムアウトに関係のありそうな箇所の現在の設定値は以下の通りです。
mysql.connect_timeout　60
max_execution_time　240

考えられる原因や対処法などご教示宜しくお願いします。