お世話になります。
色々とやってみたのですが、解決できないため質問させてください。

件名の通り、APCがONになっているサーバーで、
「システムエラーが発生しました。大変お手数ですが、サイト管理者までご連絡ください。」
と表示され、管理画面、トップページともに表示されません。
APCをOffにすれば、表示されます。
しかし、APCが必要な別システムが同サーバーで動いているため、Offにすることはできません。
.htaccessのphp_flag apc.cache_by_default offも試してみましたが、駄目でした。
どうぞよろしくお願いいたします。

環境
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PHP 5.3.23
APC 3.1.9
EC-CUBE 2.12.3
CentOS release 5.4
Apache/2.2.3