表題の環境につきまして、EC-CUBEで新規追加したページが、そのままのURLでは表示できない(Apacheの404エラー)状態です。
例えば、「hoge」というページを作成しても

http://example.com/user_data/hoge

にアクセスした場合、EC-CUBEのエラー画面ではなく、Apacheの404エラーが表示されます。
ただし、

http://example.com/index.php/user_data/hoge

というように、index.phpをURL内に追加すれば表示可能な状態です。

EC-CUBEの仕様上、ページを作成すると /html/user_data/ ディレクトリに当該ページの.twigテンプレートファイルを作成するものと認識しています。
ApacheのMultiViewsが有効になっていると、Apache内のルーティング処理で.twigファイルを発見・クエリ書き換えを行ないます。
その後、EC-CUBEの動作に必要な/html/.htaccess内にあるクエリのRewrite処理が動き、結果としてリクエストURIが

/user_data/hoge
↓
/index.php/user_data/hoge.twig

となり、ファイルが見つからないため、Apacheが404エラーを返しているものと推測されます。
(通常であれば、index.phpを実行し、EC-CUBEの処理内で専用の404ページを生成して返すはずが、Apache側でエラーとなる)

手元の開発環境でもApacheのMultiViewsを有効にすると症状が再現できました。
(MultiViewsをオフにすると問題なく動作)

そもそもMultiViewsをOffにすればいいじゃないか、というお話ですが、さくらのレンタルサーバではデフォルトでOnとなっており、またAllowOverrideによる書き換えが許可されていないため、MultiViews有効を強制されてしまいます。

こちらで.htaccessに記述しているRewrite設定を工夫して対応できないかと思いましたが、現状では改善できていません。
(Rewriteで.twigを消しても、その後更にmod_negotiateが追加しているような挙動に見えます)
また、MultiViewsMatchディレクティブの変更を全パターンで試してみましたが、結果は変わらずでした。

誰か、MultiViewsが有効な環境下で新規ページ作成が問題なくできる方がいらっしゃいましたら、情報共有をお願いできませんでしょうか。

情報の不足などありましたら、その旨ご指摘をお願いいたします。